Празднование памяти священномученика Иоанна началось с полиелейной утрени в Князь-Владимирском храме, которую возглавил проректор ПСТБИ протоиерей Николай Емельянов.

Божественную Литургию архиерейским чином совершил епископ Орехово-Зуевский Пантелеимон в сослужении собора духовенства. За Богослужением вместе с Владыкой молились епископ Борисовский и Марьиногорский Вениамин, ректор ПСТГУ протоиерей Владимир Воробьев, преподаватели и студенты Университета.

Богослужебные песнопения исполнял мужской хор Богословского факультета под управлением диакона Алексея Зайцева.

Проповедь по запричастном стихе произнес студент 4 курса ПСТГУ Илья Палачев. Помимо служения Церкви священномученика Иоанна Восторгова проповедник напомнил и о двух других святых, память которых приходится на этот день: священномученике Ефреме, епископе Селенгинском и мученике Николае Варжанском. «Епископ, пресвитер, мирянин вместе составляют Церковь. Воспоминаемые сегодня святые еще раз доказали единство Церкви в страшное время гонений» — заключил проповедник.

В конце богослужения Владыка Пантелеимон прочитал молитву священномученику Иоанну, и весь храм пропел величания празднику Успения Пресвятой Богородицы и священномученику Иоанну.

Отец Владимир от лица всех молящихся обратился с благодарственным словом Владыке Пантелеимону и сказал о том, что священномученик Иоанн Восторгов был настоятелем храма, в котором сегодня совершалась Литургия в его память. «Он жил в квартире, в которой сейчас находится кабинет ректора, я чувствую, что этот дом находится под особым покровительством Священномученика Иоанна» — сказал отец Владимир.

Владыка Пантелеимон поблагодарил за совместную молитву епископа Вениамина и весь собор, передал собравшимся патриаршее благословение и поздравил всех с праздником. «Я благодарен Богу за то, что смог в этот день помолиться в Князь-Владимрском храме, в котором совершал служение священномученик Иоанн. Сто лет назад этот день стал началом испытаний для верующих Московской епархии» — сказал владыка Пантелеимон.

В 15:00 ректор ПСТГУ протоиерей Владимир Воробьев открыл заседание научной конференции, посвященной памяти священномученика Иоанна и началу гонений на Церковь. Модератором конференции стал заместитель заведующего отделом новейшей истории Русской Православной Церкви ПСТГУ доктор церковной истории протоиерей Александр Мазырин. В своем вступительном слове отец Владимир проследил жизненный путь священномученика Иоанна, который был другом и споспешником священомученника Владимира (Богоявленского) и участником Всероссийского Поместного Собора 1917—1918 гг. Именно благодаря отцу Иоанну Епархиальный Дом после мученической кончины митрополита Владимира стал именоваться Владимирским. Отец ректор призвал обращаться в молитвах к священномученику Иоанну, как к небесному покровителю этого дома.

Далее с докладом выступил Епископ Вениамин кандидатская диссертация которого была посвящена служению священномученика Иоанна. Владыка рассказал о служении отца Иоанна в годы Первой Мировой войны и в годы Русской революции.

Профессор ПСТГУ Андрей Борисович Ефимов посвятил свой доклад обзору миссионерского служения отца Иоанна. Он попытался выделить ряд направлений в миссионерском служении священномученика с 1906 по 1918 гг. Дополнил доклад Андрея Борисовича заведующий кафедрой общей и русской церковной истории и канонического права Богословского факультета ПСТГУ протоиерей Александр Щелкачев.

Доктор Церковной истории, профессор ПСТГУ Наталья Юрьевна Сухова подготовила доклад на тему «Служение Слову Божию священномученика Иоанна Восторгова». Докладчик выделила три основных периода в жизни священномученика Иоанна, каждый период определяется особым служением отца Иоанна, в первую очередь служением словом.

Далее были прочитаны доклады и И. Н. Смоляковой (ПСТГУ) и Г. В. Анащенко. Первый доклад был посвященный разбору причин ареста протоиерея Иоанна Восторгова, а второй уточнению места убиения священномучеников епископа Селенгинского Ефрема (Кузнецова) и протоиерея Иоанна Восторгова. Докладчик с помощью молодых коллег, основываясь на ряде источников, сумел установить предполагаемое место мученической кончины владыки Ефрема и отца Иоанна: Песчаная улица дом 2. По благословению Святейшего Патриарха на этом месте будет установлена памятная табличка.

С заключительным докладом выступил директор МЦ «Бутово» Игорь Владимирович Гарькавый. Автор озаглавил свое выступление так: «Двадцать лет спустя: как из „Красного“ террора вырастал „Большой“ Влияние революционного опыта на идеологию и практику массовых операций 1937—1938 гг.».

В заключение конференции протоиерей Кирилл Каледа поблагодарил всех участников, организаторов и докладчиков за сотрудничество.